Конкурс инновационных образовательных программ общеобразовательных учреждений проводится в рамках приоритетного национального проекта "Образование" с 2006 года. Данное направление ПНПО предусматривает оказание государственной поддержки ежегодно 3 000 общеобразовательных учреждений, внедряющих инновационные образовательные программы, по 1 млн. руб. каждому. Государственная поддержка осуществляется из средств федерального бюджета ежегодно в объёме 3 млрд. рублей.

Всего в 2006-2007 годах государственная поддержка была оказана 6 тысячам общеобразовательных учреждений (из них 2602 школы из сельской местности), внедряющих инновационные образовательные программы, в том числе часть школ-победителей 2006 года (161) стали победителями конкурса 2007 года вторично, что не противоречит Порядку и критериям конкурсного отбора общеобразовательных учреждений субъектов Российской Федерации и муниципальных общеобразовательных учреждений, внедряющих инновационные образовательные программы. Всего на участие в конкурсах было подано 6142 заявки в 2006 году и 8637 заявок в 2007 году.

Конкурсный отбор 2008 года проводился в течение двух месяцев во всех регионах страны специально созданными конкурсными комиссиями с участием родителей, ассоциаций выпускников, профессиональных объединений работодателей, журналистов, экспертов по вопросам общего образования, советов ректоров вузов, руководителей учреждений начального и среднего профессионального образования, профсоюзов и других общественных объединений. На участие в конкурсах 2008 года была подана 8461 заявка, в том числе 4460 - из сельской местности.